Am Ende einer Spielzeit steigen die zwei besten Teams in die 2. Bundesliga auf, der Drittplatzierte spielt gegen den 16. der 2. Bundesliga in der Relegation um den Aufstieg. Die Vereine auf den Rängen 18-20 steigen in die Regionalligen ab.
| Pos | Mannschaft | Sp | S | T | V | Tore | Diff | Pkt | ||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | • |
|
Karlsruher SC | 38 | 23 | 10 | 5 | 69:27 | 42 | 79 |
| 2 | • |
|
Arminia Bielefeld | 38 | 22 | 10 | 6 | 59:32 | 27 | 76 |
| 3 | ↑ |
|
VfL Osnabrück | 38 | 22 | 7 | 9 | 64:35 | 29 | 73 |
| 4 | ↑ |
|
Preußen Münster | 38 | 20 | 12 | 6 | 63:33 | 30 | 72 |
| 5 | ↓ |
|
1. FC Heidenheim | 38 | 21 | 9 | 8 | 69:47 | 22 | 72 |
| 6 | • |
|
Chemnitzer FC | 38 | 15 | 10 | 13 | 56:47 | 9 | 55 |
| 7 | • |
|
SV Wehen Wiesbaden | 38 | 11 | 18 | 9 | 51:51 | 0 | 51 |
| 8 | ↑ |
|
SV Wacker Burghausen | 38 | 14 | 9 | 15 | 45:45 | 0 | 51 |
| 9 | ↓ |
|
SpVgg Unterhaching | 38 | 14 | 9 | 15 | 48:55 | -7 | 51 |
| 10 | ↑ |
|
Hallescher FC | 38 | 12 | 10 | 16 | 37:50 | -13 | 46 |
| 11 | ↓ |
|
1. FC Saarbrücken | 38 | 12 | 9 | 17 | 52:62 | -10 | 45 |
| 12 | • |
|
Hansa Rostock | 38 | 11 | 11 | 16 | 39:52 | -13 | 44 |
| 13 | • |
|
FC Rot-Weiß Erfurt | 38 | 11 | 11 | 16 | 44:58 | -14 | 44 |
| 14 | ↓ |
|
VfB Stuttgart II | 38 | 11 | 10 | 17 | 35:42 | -7 | 43 |
| 15 | • |
|
Kickers Offenbach | 38 | 11 | 11 | 16 | 41:44 | -3 | 42 |
| 16 | ↑ |
|
Borussia Dortmund II | 38 | 9 | 14 | 15 | 39:58 | -19 | 41 |
| 17 | ↓ |
|
Stuttgarter Kickers | 38 | 10 | 10 | 18 | 39:48 | -9 | 40 |
| 18 | • |
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SV Darmstadt 98 | 38 | 8 | 14 | 16 | 32:46 | -14 | 38 |
| 19 | • |
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SV Babelsberg 03 | 38 | 9 | 10 | 19 | 32:54 | -22 | 37 |
| 20 | • |
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Alemannia Aachen | 38 | 7 | 10 | 21 | 40:68 | -28 | 26 |
*Alemannia Aachen und den Offenbacher Kickers wurden am 14. März 2013 aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahren zur Saison 2012/2013 jeweils zwei Punkte abgezogen. Am 16. Mai 2013 wurden der Alemannia drei weitere Punkte abgezogen, da der TSV eine Summe von 200.000 Euro aus DFB-Kautionsfonds nicht bis zum 15. Mai zurückgezahlt hatte. Diese Abzüge wurde hier bereits berücksichtigt.

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